刊於1590年的《本草綱目》更加接近是一本博物書,一本對所見到的動植物礦物等進行分門別類的博物誌,而非醫學領域內的藥學著作。
《本草綱目》是以宋朝唐慎微的醫藥學類書《證類本草》為資料主體增刪考訂而成的,分為16部(水、火、土、金石、草、谷、菜、果、木、服器、蟲、鱗、介、禽、獸、人)60類。每種藥物分列釋名(確定名稱)、集解(敘述產地)、正誤(更正過去文獻的錯誤)、修治(炮製方法)、氣味、主治、發明(前三項指分析藥物的功能)、附方(收集民間流傳的藥方)等項。全書收錄植物藥有881種,附錄61種,共942種,再加上具名未用植物153種,共計1095種,佔全部藥物總數的58%。李時珍把植物分為草部、谷部、菜部、果部、木部五部,又把草部分為山草、芳草、濕草、毒草、蔓草、水草、石草、苔草、雜草等九類。
《本草綱目》改進了中國傳統的分類方法,格式比較統一,敘述也比較科學和精密,例如:把廣義的“蟲”藥擴充到106種,其中昆蟲藥為73種,分為“卵生”、 “化生”和“濕生”三類。對動物和植物的分類學的發展具有很大意義。其中有些部分,並未加以詳細查證就記錄的條目,李時珍是採取採“凡經人用者,皆不可遺”的以姑妄信之態度加以收錄的。
清朝乾隆三十年(1765年)藥物學家趙學敏撰《本草綱目拾遺》,用意在拾遺補正《本草綱目》,其中新增716種藥材,補充161種藥物內容,糾舉錯誤34條。

中醫裡說的“本草類”書,指的是注疏《神農本草經》的各種“本草著作”。 《神農本草經》(簡稱《本草經》或《本經》),是我國現存最早的藥物學專著。起源於神農氏,代代口耳相傳,於東漢時集結整理成書,成書作者不詳。但並非出自一時一人之手,而是上古,先秦,秦漢時期眾多醫學家蒐集、總結、整理當時藥物學經驗成果的專著,是對中國中醫藥的第一次系統總結。


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